石上神宮は古代の豪族物部氏の武器庫であったという。境内には本殿がない特異な神社である。現在の本殿は1913年に建てられたもで、それまでは本殿がなかったのだ。本殿に当たる所（拝殿の奥側）には「平国之剣(くにむけしつるぎ)」（神武記の伝承）が埋められていた。その剣と剣の霊威が祭神であり、「布都御魂大神(ふつのみたまのおおかみ)」として祀られている。その場所は「高庭之地」と呼ばれていて、禁足地、つまり立入禁止の場所とされてきた。